Le synode national a charge de gouverner l’Eglise Réformée de France et de la représenter, de formuler sa Confession de foi, sa liturgie et ses textes constitutionnels. Réuni au moins une fois par an, il veille à la mission de l’Eglise et administre l’union nationale. Il exprime ses convictions sur les sujets inscrits à son ordre du jour ou sur les vœux déposés par ses membres.

Ses membres à voix délibérative (actuellement 92) sont élus par les 8 Synodes régionaux. Des membres à voix consultative représentent les œuvres, mouvements, institutions et équipes liés à l’Eglise Réformée.

  Session 2007 - Sochaux : "Parole, parentalité, espérance : quels repères pour nos familles ?" Premier Synode conjoint avec celui de l’Eglise évangélique luthérienne de France).
  Session 2006 - Paris : "Une Eglise qui se réforme pour annoncer Jésus-Christ aujourd’hui".
  Session 2005 - Aix-en-Provence : « Confesser Jésus-Christ dans une société laïque - Qu’est-ce qui fait autorité dans nos vies ? »
  Session 2004 - Cognac : « L’exercice du ministère »
  Session 2003 - Bordeaux : « Notre participation à l’Eglise universelle »
  Session 2002 - Nîmes : « Débats 2000 - 2000 débats, premier bilan »
  Session 2001 - Soissons : « Les Sacrements »